Klasická medicína uvádza, že  príčiny vzniku autoimunitných ochorení nie sú presne známe. Podľa dostupných údajov má genetická predispozícia jedinca najväčší vplyv na vznik autoimunitnej choroby. Aby sa ochorenie prejavilo, sú však potrebné ďalšie faktory, ktoré podporia zdedenú predispozíciu. 

Z naturopatickej praxe je známe, že autoimunitné ochorenia sa spúšťajú pri oslabenej detoxikácii organizmu.  Biele krvinky imunitného systému pohlcujú toxické látky ako cudzorodý materiál a reagujú na veľké množstvo ťažkých kovov a chemických látok zo životného prostredia tým, že zmätene napádajú vlastné bunky organizmu. Zároveň je veľmi často prítomný významnejší deficit D vitamínu, ktorý je pre správne fungovanie imunity kľúčový. Tiež môže dochádzať k deficitu iných vitamínov a minerálov potrebných pre fungovanie imunity – selén, zinok, vitamín C, E a pod.